Kafka veut éliminer les kaiju, mais pas au sens propre ! Une métamorphose soudaine va-t-elle entraver son rêve ?

Avec le taux d'apparition de kaiju le plus élevé au monde, le Japon est habitué aux attaques de monstres mortels. C'est là qu'intervient la Force de Défense Japonaise, une organisation militaire chargée de neutraliser les kaiju. Kafka Hibino, un nettoyeur de cadavres de kaiju, a toujours rêvé de rejoindre la force. Mais lorsqu'il a une nouvelle chance de réaliser son rêve d'enfant, il subit une transformation inattendue. Comment peut-il combattre les kaiju maintenant qu'il en est lui-même devenu un ?!

Grâce aux efforts de la nouvelle génération de soldats, Kafka arrive à temps pour sauver Mina Ashiro des griffes de Kaiju N° 9. De plus, il possède une multitude de techniques de combat améliorées, inspirées des Forces de Défense, adaptées à son ennemi. Mais avec l'accès à Isao Shinomiya, absorbé par Kaiju N° 9, et à ses vastes connaissances en arts martiaux, les techniques de combat raffinées de Kafka auront-elles une chance ?